המקדש הכלקוליתי בעין גדי כולל שרידים של מקדש מהתקופה הכלקוליתית בארץ ישראל. התקופה המשוערת היא 3,800 לפנה"ס - 4,500 לפנה"ס. האתר התגלה כבר בשנת 1956 על ידי הארכאלוג יוחנן אהרוני.